Жозеф Эрнест Ренан родился 27 февраля 1823 года в бретонском городке Трегье на северо-западе Франции. Семья его отца была связана с морем: дед был судовладельцем, а отец — капитаном небольшого судна. Когда Ренану было пять лет, отец умер, и будущий учёный оказался под сильным влиянием матери, а также старшей сестры Генриетты, которая заменила ему родителя и долгие годы была его духовной опорой.
Следуя желанию матери, он начал подготовку к духовной карьере. Получив блестящее образование в семинарии родного города, в 1838 году, в возрасте пятнадцати лет, он был отправлен в Париж, где учился в семинарии Сен-Николя-дю-Шардонне, а затем, с 1841 года, в престижной семинарии Сен-Сюльпис. Именно там, изучая древнееврейский язык и знакомясь с достижениями немецкой библейской критики, он столкнулся с непреодолимыми для его веры сомнениями. В 1845 году Ренан, осознав несовместимость исторического критического анализа с католической догматикой, покинул семинарию и навсегда отказался от священнического сана.
Он продолжил образование в Сорбонне и полностью посвятил себя светской науке. В 1847 году его рукопись «Общая история семитских языков» была удостоена премии Академии надписей. С 1849 по 1862 год он работал в Национальной библиотеке, где занимался изучением восточных рукописей. В 1852 году он защитил докторскую диссертацию о философии Аверроэса. В этот период он женился на Корнелии Шеффер, в браке с которой родилось двое детей.
Переломным моментом в его жизни стала археологическая экспедиция в Финикию и Палестину, предпринятая по поручению правительства в 1860–1861 годах. Впечатления от этой поездки легли в основу его самого известного и скандального труда — «Жизнь Иисуса», опубликованного в 1863 году. В этой книге Ренан, следуя методу исторического рационализма, описал жизнь Христа как историю выдающегося, но всё же человека, и отверг сверхъестественные элементы Евангелий. Труд Ренана имел огромный успех, выдержав множество переизданий, но вызвал бурю негодования со стороны католической церкви, а его назначение в 1862 году на кафедру еврейского языка в Коллеж де Франс было аннулировано.
В 1870 году, после падения Второй империи, Ренан был восстановлен в должности в Коллеж де Франс и стал одной из ведущих фигур интеллектуальной жизни Третьей республики. В 1878 году он был избран во Французскую академию. В последующие годы он завершил свой многолетний труд — восьмитомную «Историю происхождения христианства», куда вошли и другие книги цикла: «Апостолы» (1866), «Святой Павел» (1869), «Антихрист» (1873), а затем принялся за пятитомную «Историю израильского народа» (1887–1893), пытаясь создать единую панораму библейской истории. Эрнест Ренан скончался в Париже 2 октября 1892 года.
Его жизнь и творчество — яркий пример кризиса религиозного сознания XIX века, когда человек, воспитанный в лоне церкви, через науку и критическую мысль пришёл к позитивизму и скептицизму, навсегда изменив подход к изучению священных текстов. Он оставил после себя богатейшее наследие филолога, историка и блестящего стилиста, которое продолжает вызывать споры и интерес по сей день.